Inicia o seu percurso autárquico em 1979, tendo sido eleita Presidente da Junta de Freguesia de Almada, mandato que exerce até 1983. Em 1983 é eleita vereadora na Câmara Municipal de Almada, assumindo funções como responsável pelo Pelouro da Salubridade, Espaços Verdes, Saúde e Ação Social.

 
Em 6 de novembro de 1987, o presidente da Câmara Municipal de Almada, José Martins Vieira abandona o cargo por razões de saúde, e Maria Emília de Sousa assume a presidência até ao final do mandato. Em dezembro de 1989 é prieira candidata da Coligação Democrática Unitária - CDU (PCP e PEV) às eleições para a Câmara Municipal de Almada, sendo eleita presidente da Câmara Municipal, cargo para o qual será sucessivamente reeleita em dezembro de 1993, dezembro de 1997, dezembro de 2001, outubro de 2005 e outubro de 2009.

Face ao extraordinário e exemplar contributo de cidadania, toda uma vida de empenho e dedicação ao bem comum e à causa pública, a Câmara Municipal de Almada atribuiu a Maria Emília Guerreiro Neto de Sousa, a Medalha de Ouro e a Chave da Cidade de Almada, em cerimónia realizada a 11 de outubro de 2014.