A CPCJ está organizada em dois âmbitos: comissão restrita e comissão alargada.
 

A modalidade restrita do funcionamento da CPCJ diz respeito, prioritariamente, à intervenção nas situações de perigo, quando e se este não for debelado no âmbito da esfera, subsidiária, de ação das Entidades com Competência em Matéria de Infância e Juventude (ECMIJ).
 

Na modalidade alargada, compete à CPCJ promover a sensibilização e a interiorização, pela generalidade dos cidadãos e instituições, dos direitos das crianças, suscitar a sua disponibilidade e determinação para o diagnóstico da realidade e para a planificação, articulação e concretização, sem sobreposições, das respostas e dos recursos adequados à promoção e defesa dos direitos da criança.
 
 

À comissão restrita compete:
 

- Atender e informar as pessoas que se dirigem à comissão de proteção;

- Decidir da abertura e da instrução do processo de promoção e proteção;
 

- Apreciar liminarmente as situações de que a comissão de proteção tenha conhecimento, decidindo o arquivamento imediato do caso quando se verifique manifesta desnecessidade de intervenção;
  

- Proceder à instrução dos processos;
 

- Solicitar a participação dos membros da comissão alargada nos processos referidos na alínea anterior, sempre que se mostre necessário;
 

- Solicitar parecer e colaboração de técnicos ou de outras pessoas e entidades públicas ou privadas;
 

- Decidir a aplicação e acompanhar e rever as medidas de promoção e proteção, com exceção da medida de confiança a pessoa selecionada para a adoção ou a instituição com vista a futura adoção;

- Praticar os atos de instrução e acompanhamento de medidas de promoção e proteção que lhe sejam solicitados no contexto de processos de colaboração com outras comissões de proteção;
 

- Informar semestralmente a comissão alargada, sem identificação das pessoas envolvidas, sobre os processos iniciados e o andamento dos processos pendentes.

 
 

À comissão alargada compete:
 
- Informar a comunidade sobre os direitos da criança e do jovem e sensibilizá-la para os apoiar sempre que estes conheçam especiais dificuldades;
 

- Promover acções e colaborar em as entidades competentes tendo em vista a detecção dos factos e situações que, na área da sua competência territorial, afectem os direitos e interesses da criança e do jovem, ponham em perigo a sua segurança, saúde, formação ou educação ou se mostrem desfavoráveis ao seu desenvolvimento e inserção social;
 

- Informar e colaborar com as entidades competentes no levantamento de carências e na identificação e mobilização dos recursos necessários à promoção dos direitos, do bem-estar e do desenvolvimento integral da criança e do jovem;
 

- Colaborar com as entidades competentes no estudo e elaboração de projectos inovadores no domínio da prevenção primária dos factores de risco e no apoio às crianças e jovens em perigo;
 

- Colaborar com as entidades competentes na constituição e funcionamento de uma rede de acolhimento de crianças e jovens, bem como na formulação de outras respostas sociais adequadas;
 

- Dinamizar e dar parecer sobre programas destinados às crianças e jovens em perigo;
 
- Analisar a informação semestral relativa aos processos iniciados e ao andamento dos pendentes na comissão restrita;

- Prestar apoio e a colaboração que a comissão restrita solicitar, nomeadamente no âmbito da disponibilização dos recursos necessários ao exercício das suas funções;
 

- Elaborar e aprovar o Plano Anual de Atividades;
 

- Aprovar o Relatório Anual de Atividades e avaliação elaborado pelo presidente e enviá-lo à Comissão Nacional de Proteção de Crianças e Jovens em Risco, à Assembleia Municipal e ao Ministério Público;
 

- Colaborar com a Rede Social na elaboração do plano de desenvolvimento social local, na área da infância e juventude.